始建于1951年，是司法部直屬的司局級科研事業(yè)單位，承擔(dān)司法鑒定研究/疑難案件司法鑒定和技術(shù)指導(dǎo)/培養(yǎng)司法鑒定高端人才/國內(nèi)外司法鑒定學(xué)術(shù)交流等職能，在系統(tǒng)毒物分析/毛發(fā)中毒藥物鑒定/有毒動植物鑒定等領(lǐng)域研究處于領(lǐng)先地位
司法鑒定科學(xué)研究院創(chuàng)建于1951年，前身是1932年成立的司法行政部法醫(yī)研究所。新中國成立后，曾分別隸屬于華東軍政委員會司法部、最高人民法院華東分院、司法部、公安部，1960年因故撤銷。1983年經(jīng)國家科委批準(zhǔn)正式復(fù)建司法部司法鑒定科學(xué)技術(shù)研究所。2017年10月14日，經(jīng)中央機(jī)構(gòu)編制委員會辦公室批準(zhǔn)更名為司法鑒定科學(xué)研究院，是司法部直屬的司局級科研事業(yè)單位。
司法鑒定科學(xué)研究院執(zhí)行中央編辦、司法部賦予的承擔(dān)“司法鑒定領(lǐng)域的基礎(chǔ)研究、應(yīng)用研究和高新技術(shù)研究；全國重大疑難案件的司法鑒定和技術(shù)指導(dǎo)；司法鑒定高端人才的培養(yǎng)培訓(xùn)；國內(nèi)外學(xué)術(shù)交流等工作”職能。目前有職工224人，其中黨員106人，技術(shù)人員占78%，高級技術(shù)人員占技術(shù)人員總數(shù)的60%。儀器裝備已達(dá)到國際先進(jìn)水平。
研究院設(shè)有法醫(yī)病理學(xué)、法醫(yī)臨床學(xué)、法醫(yī)精神病學(xué)、法醫(yī)物證學(xué)、法醫(yī)毒物化學(xué)、微量物證學(xué)、文件鑒定學(xué)、聲像鑒定學(xué)、痕跡鑒定學(xué)、電子數(shù)據(jù)鑒定、道路交通事故技術(shù)鑒定、環(huán)境損害司法鑒定、司法鑒定制度與法規(guī)等專業(yè)。辦有中文核心期刊《中國司法鑒定》和《法醫(yī)學(xué)雜志》，英文期刊Forensic Sciences Research。
科學(xué)研究是研究院的基礎(chǔ)工作。承擔(dān)國家科技部、國家自然科學(xué)基金委、司法部和上海市科委的科技攻關(guān)項目，在系統(tǒng)毒物分析、毛發(fā)中毒藥物鑒定、有毒動植物鑒定、死亡原因鑒定、傷病關(guān)系鑒定、道路交通事故綜合鑒定、男性性功能鑒定、聽覺視覺功能鑒定、復(fù)雜親緣關(guān)系鑒定、文件材料鑒定、聲紋鑒定、法醫(yī)精神病鑒定、司法鑒定管理制度研究等方面處于國內(nèi)領(lǐng)先地位。
司法鑒定是研究院的主要職能工作。作為司法鑒定的“國家隊”，主要承擔(dān)全國各地公、檢、法等機(jī)構(gòu)送檢的重大、疑難、復(fù)雜、敏感、涉外案件的司法鑒定。同時接受企事業(yè)單位、社會團(tuán)體和個人的委托，對交通事故、民事糾紛、仲裁等活動中所涉及的專門性問題進(jìn)行技術(shù)檢驗和技術(shù)鑒定。現(xiàn)年承擔(dān)刑事、民事和行政等各類案件的司法鑒定近3萬例，在維護(hù)國家安全、公民合法權(quán)益以及糾正冤假錯案、化解糾紛沖突、維護(hù)社會穩(wěn)定和保障司法公正等方面發(fā)揮了重要作用。
教育培訓(xùn)是研究院的基本任務(wù)。作為全國司法鑒定人繼續(xù)教育基地與復(fù)旦大學(xué)、蘇州大學(xué)、華東政法大學(xué)、南方醫(yī)科大學(xué)、四川大學(xué)、溫州醫(yī)科大學(xué)、中國刑事警察學(xué)院、上海工程技術(shù)大學(xué)、南京醫(yī)科大學(xué)、山西醫(yī)科大學(xué)、內(nèi)蒙古民族大學(xué)、中國藥科大學(xué)、上海政法學(xué)院、上海公安學(xué)院聯(lián)合培養(yǎng)司法鑒定本科、碩士、博士研究生，促進(jìn)了我國司法鑒定行業(yè)的隊伍建設(shè)和人才儲備。
技術(shù)指導(dǎo)是研究院的重要職能。作為行業(yè)主管部門依托的技術(shù)平臺，承擔(dān)司法鑒定領(lǐng)域國家標(biāo)準(zhǔn)和行業(yè)技術(shù)規(guī)范的研制，積極推進(jìn)司法鑒定技術(shù)創(chuàng)新和標(biāo)準(zhǔn)體系建設(shè)。自2005年以來，經(jīng)國家認(rèn)可委和司法部授權(quán)，組織開展年度司法鑒定行業(yè)能力驗證活動，實施鑒定質(zhì)量評估，為政府監(jiān)管提供技術(shù)支持，推進(jìn)鑒定機(jī)構(gòu)的規(guī)范化發(fā)展。
研究院也是我國司法鑒定領(lǐng)域?qū)ν饨涣髋c合作的重要平臺。根據(jù)對應(yīng)對等原則，多次受命代表中國司法鑒定行業(yè)出訪美國、英國、荷蘭、俄羅斯、烏茲別克斯坦、澳大利亞、德國、南非、韓國、瑞士、比利時、日本等國以及港、澳、臺地區(qū)，并與上述國家（地區(qū)）的司法鑒定官方機(jī)構(gòu)建立了合作關(guān)系，創(chuàng)辦了兩年一屆的“司法鑒定理論與實踐研討會”。
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