早期研究表明，胃癌的發生和糜爛性胃炎等與幽門螺旋桿菌陽性有直接關系。因此，在減少幽門螺旋桿菌相當于幫助你在一定程度上遠離胃癌。最近，專家說益生菌對胃中的幽門螺旋桿菌有抑制作用，可以有效減少幽門螺旋桿菌。

益生菌很容易受到環境的影響而破壞，一般認為，乳桿菌比較可以在小腸中生存繁殖，而比菲德氏菌比較能在大腸中生存繁殖，但前提是都必須先通過胃酸的考驗。但最近的醫學研究發現，胃中仍有少量的益生菌存活，表示部分益生菌仍可通過胃酸的考驗，進入大腸或小腸中繼續生存繁殖，因此醫學上認為，益生菌的功能主要在腸道，而在胃中則也扮演了少量的角色。

胃幽門螺旋桿菌容易破壞胃黏膜表層，造成胃發炎等疾病，因此，益生菌對胃幽門螺旋桿菌的影響，也受到關注，有體外試驗等研究發現，某些益生菌可在培養皿中抑制胃幽門螺旋桿菌的生長。

后來也有人體試驗發現，雷特氏B菌、乳桿菌等益生菌，有抑制胃幽門螺旋桿菌的作用。其可能的機制是，益生菌在腸道中釋放免疫調控物質，經血液到胃部，而抑制了胃幽門螺旋桿菌的生長；另外有研究認為仍有少量的益生菌在胃中存活，或許也扮演了一些輔助抑制胃幽門螺旋桿菌生長的角色。