水體中的致病性微生物一般并不是水中原有微生物，大部分是從外界環境污染而來，特別是人和其它溫血動物的糞便污染。水中常見的致病性細菌主要包括：志賀氏菌、沙門氏菌、大腸桿菌、小腸結炎耶爾森氏菌、霍亂弧菌、副溶血性弧菌等。

在實際控制中，對水質衛生質量的評價和控制，是無法對各種可能存在的致病微生物一一進行檢測，而一般利用對指示菌的檢測和控制，來了解水體是否受到過人畜糞便的污染，是否有腸道病原微生物存在的可能，從而評價水的質量，以保證水質的衛生安全。

目前，世界各國一般認為大腸菌群是指示水質受糞便污染較好的指示菌。

在某些情況下，水體中的細菌總數也可指示水體受糞便等污染物污染的情況。這里的細菌總數其實是指營養瓊脂培養后形成的菌落總數。目前世界各國對于控制飲用水的衛生質量，除采用大腸菌群等指標外，一般還采用細菌總數這個指標。

2018年8月深圳市食藥監局組織對全市生產環節經營主體開展抽樣檢驗，行動共抽檢生產環節食品272批次，涉及生產環節經營主體167家次，共檢測食品指標3361項次。其中檢出不合格樣品3批次，涉及不合格食品類別為飲料3批次，涉及不合格項目為微生物污染。行動共抽檢了餅干、茶葉及相關制品、方便食品等市民日常購買的食品種類，3批次飲用水被檢出銅綠假單胞菌超標，涉及深圳市寶源達飲品有限公司生產的活力包裝飲用水和康庭包裝飲用水、深圳市美地泉飲品有限公司生產的大山嶺飲用純凈水。

市食藥監局方面透露，抵抗力較差的人群若飲用銅綠假單胞菌不合格的瓶(桶)裝水會對人體健康產生危害，容易引起急性腸道炎、腦膜炎、敗血癥和皮膚炎癥等疾病。

市食藥監局提醒消費者，購買包裝食品應通過正規可靠渠道并保存憑證，看清外包裝標簽標識中的相關信息，如生產日期、保質期、生產者名稱和地址、配料表、食品生產許可證編號是否齊全;不要購買無廠名、廠址、生產日期和保質期的產品，不要購買超過保質期的產品，不要購買不合格產品。此外，購買食品后應按照標簽所示方式保存、按照標示使用方法加工食用。老人、孕婦、嬰幼兒、免疫力低下和易過敏人群應特別關注食品標簽標示中的“食品適用人群”，散裝食品注意適量購買，妥善貯藏。